部分場景存在深淵地形，在該游戲中一共可操作角色87名，而對戰模式則可以任意選擇，火影忍者究極風暴3的場景地圖：火影忍者究極風暴3都有什么人物，場景地圖可以任意選擇，會受到傷害，玩家可操作不同的角色進行對戰，如木葉村、云隱村、霧隱村還有一些荒涼的野外場景。在某些場景地圖中，尾獸玉模式金身鳴人、永恒萬花筒寫輪眼佐助、宇智波斑、穢土轉生漩渦長門、山椒魚半藏、二尾由木人、三尾矢倉、四尾老紫、五尾漢、六尾羽高、七尾芙、輪回眼宇智波帶土、三船以及達魯伊，