經濟適用房與商品房的主要區別在于土地性質不同，都是國有土地，經適房是劃撥地，商品房是出讓地。劃撥地沒有繳納土地出讓金，而且經適房在報批時有的稅費享受優惠，所以經適房成本低，價格也由物價核定，商品房則是市場價格。以前單位集資建房其實就是經適房，土地是政府劃撥給單位的，只是集資房一般都是單位自主分配，而經適房要經管理部門資格審批。現在的經適房大多也是以單位立項建設報管理部門審批的。是商品房還是經適房與是否貸款無關。

申請購買經濟適用房一般都是中低收入家庭，大部分都是公積金按揭貸款，購房款還款完畢后可由開發商或自己申請辦理經濟適用房<產權證》，《土地使用證》，但是這些證上注明有土地取得方式為“國有土地劃撥”，有的地方房屋產權證上會注明有限產權或注明是經濟適用房的字樣，屬于部分產權房，辦證時間沒有具體嚴格的限制；但是只能是經濟適用房申購者自住，不得閑置，不得出租，不得出借。如果想上市交易或出借，出租的話還需要等到5年期滿“根據當地政府有關規定交納土地出讓金以及相關的費稅，取得完全產權成為商品房”這個費用加起來大概與商品房價格相差不大了；土地使用證上的土地取得方式也會注明為“國有土地轉讓”，此時你的經濟適用房才是自由之身。所以說經濟適用房不是穩賺的。擁有自住比較好。如果你要購買轉手的經濟適用房，只要看土地使用證的土地取得方式:如果是國有劃撥，那就是經濟適用房了，也就是說房主只擁有部分產權，另一部分呢是國家的。

第一,概念。經濟適用住房是指以中低收入家庭為供應對象,享受稅費減免政策,住房價值相對市場價是“適中”的,能夠適應中低收入家庭的承受能力,在住房設計及其建筑標準上強調住房的使用效果和建筑質量,“適合”居住,具有社會保障性的商品住房。而商品房是指具有經營資格的房地產開發公司開發經營,完全按市場規律運作的住宅。 第二,價格。經濟適用住房的銷售對象是廣大中低收入者,所以確定經濟適用住房售價時,既要考慮中低收入家庭的經濟承受能力,使職工能夠買得起,又要兼顧國家補助能力。因此經濟適用住房售價實行指導價,即按保本微利的原則,由建設資本加上3%的開發建設利潤確定。不僅在經濟適用住房建設中給予用地、計劃、規劃、建設、資金等方面的政策扶持,而且給予一定的稅費減名政策,使得經濟適用住房能以“適中”的價格出售。能真正適合中低收入家庭。而商品房價格卻完全“隨行就市”。 第三,質量。經濟適用房以經濟適用為出發點,突出“實惠”二字。因此,經濟適用住房建設要體現適用、美觀的原則,使用功能要滿足居民的基本生活需要。在功能上要齊全,室內生活必需的設施要有,廳房要齊全在面積上還要考慮到各地經濟發展水平、住房水平、居民生活習貫有很大差別。以市場接受為前提,因地制宜地制定經濟適用住房的面積標準。商品房則不然,大戶型、實用性、裝飾性和功能分區明確是商品房設計理念中的核心。 第四,權利。由于經濟適用房建設用地實行國家統一劃撥制,享受免征地土出讓金等各種優惠措施,使得建設成本明顯低于商品房。因此,經濟適用房的房主只享有房屋占有權、房屋處分權、房屋使用權而不能享受房屋收益權,如將房屋上市交易,必須補交土地出讓金及各種稅費后才可上市,而商品房是完全產權,沒有此項限制。

商品房和經濟適用房都是頒發《中華人民共和國房屋所有權證》，在本質上是沒有區別的，都是購房者擁有房屋所有權的合法書面憑證，其財產權利受國家相應法律法規的保護和規范。只是在使用和交易方面就有不同了。對于已經住滿5年的經濟適用房，業主現在可以依照目前市場價格進行出售，但出售后業主需按房屋成交額的10%補交綜合地價款。對于尚未住滿5年的經濟適用房，政策規定不允許按市場價格出售。因此，確需出售此類經濟適用房的業主，只能以不高于購買時的單價出售，并且只能出售給符合經濟適用住房購買條件的家庭或由政府相關部門收購。如果是經濟適用房，會在產權證上附注一欄寫明是經濟適用房的，如果沒有寫的，則是普通商品房。