關于用微波爐熱牛奶是否會破壞牛奶的營養成分問題，關鍵在于加熱時間的長短。因為微波爐的加熱速度極快，而保存牛奶營養成分的溫度不能太高。 
據有關資料顯示，微波爐的殺菌能力主要來自于熱力效應和生物效應。熱力效應能使細菌的細胞蛋白質受熱變性凝固，導致細菌死亡。如果用微波爐加熱牛奶時間過長，會使牛奶中的蛋白質受高溫作用，由溶膠狀態變成凝膠狀態，導致沉積物出現，影響乳品質量。牛奶加熱的時間越長、溫度越高，其中營養的流失就越嚴重，主要有維生素，其中維生素C流失得最厲害，其次是乳糖。 
飲用一杯約250毫升的牛奶，用煤氣灶加熱的話，通常是70℃的高溫煮3分鐘，60℃煮6分鐘即可。那么用微波爐，1分鐘左右就行了。但要注意使用微波爐加熱會有溫度不平均的現象，所以喝之前攪拌一下才不會被燙著。