凈水機首次使用應進行沖洗，以沖掉凈水機內的保護液，方法如下：將自來水龍頭、自來水進水球閥、凈化水龍頭全部打開，沖洗15分鐘直到產水清澈無泡沫為止。沖洗過程中頻繁的開關自來水龍頭（關3秒、開10秒）使水流形成脈動式的沖擊，會使沖洗效果更好。之后關閉排污水龍頭，打開凈化水龍頭，制水5分鐘后可正常使用。經常順沖洗：在日常使用自來水龍頭取水的過程也就是對凈水機進行了順沖洗，建議在取用凈化水后打開自來水龍頭沖洗一下，及時將截留的污染物沖走，保持凈水機較高的水通量，從而延長使用壽命。　反沖洗恢復產水量：如果凈水機通過順沖洗后產水量還比較小，則可以考慮對凈水機進行反沖洗。凈水機上一般有個反沖洗的按鈕，可以實現水流反向沖洗，以沖掉濾芯中的堵塞物。（1）當超過三天不使用凈水器，再次使用時應對凈水器先順沖洗2-5分鐘，直到凈水器內的存水排盡為止；（2）在自來水停水的情況下，請先打開排污水龍頭將自來水管內的泥沙、鐵銹等排盡后，再打開凈化水龍頭使用凈水；（3）凈水器發生故障時請立即關閉自來水進水閥，切斷凈水器的進水，請勿自行拆卸。、只對濾芯進行更換的產品，并不能保證其外殼內壁、出水管路沒有二次污染。不同凈水產品濾芯更換周期也不一樣，成本較低的PP棉每月須更換一次，活性炭則為三個月。而除了更換濾芯之外，還需按時對出水管路等部件進行清洗和消毒，否則由設備造成的污染比沒有處理的水還要大得多。因此購買質量合格的凈水器產品尤其重要。

凈水器濾芯清洗一般是使用專業的清洗液清洗的，清洗的方法也不難，大家可以按照以下的步驟清洗：1、用泵將干凈、無游離氯的反滲透產品水從清洗箱(或相應水源)打入壓力容器中并排放幾分鐘；2、用干凈的產品水在清洗箱中配制清洗液；3、將清洗液在壓力容器中循環1小時或預先設定的時間；4、清洗完成以后，排凈清洗箱并進行沖洗，然后向清洗箱中充滿干凈的產品水以備下一步沖洗；5、用泵將干凈、無游離氯的產品水從清洗箱(或相應水源)打入壓力容器中并排放幾分鐘；6、在沖洗反滲透系統后，在產品水排放閥打開狀態下運行反滲透系統，直到產品水清潔、無泡沫或無清洗劑(通常15~30分鐘)。

如果是分體式的一般是將凈水器放在干凈的盆中，將過濾的芯上下擰開，上層的圓蓋打開后，有兩層無紡棉布，用新的牙刷輕輕的放在水里刷干凈，下層的（就是有很多層石頭）下方有個塑料蓋擰開，里面也有兩層無紡棉布和沙石，各自輕輕的放在水里刷干凈，再把過濾芯放入水后上下搖晃幾下，最后將凈水器的每一件都用水沖洗干凈，并按原來的樣子安裝，即可。大約每隔一個月左右，就要清洗一次。