第一步：斷電、排水拔掉電源線，取下水桶，打開飲水機的排水閥，將飲水機內存水排干。排水閥一般位于飲水機機身后下方。分別將冷熱排水閥中的水排干即可。在這里筆者也要提醒您注意，最好在飲水機下鋪好報紙或是抹布，以防弄濕地板。同時，由于飲水機內部需要多次清洗，如果條件允許的話，將飲水機放置在衛生間內清潔更加方便。第二步：調配清潔液將飲水機專用除垢劑按照說明書上指示配比攪拌好，然后加入飲水機，通電，加熱五分鐘后斷電，浸泡15-30分鐘。加熱的步驟實際上是讓清洗劑中的成分可以更好與水中的物質反應。筆者用來清洗飲水機的這款清洗精的主要成分是氯基類酸。使用時也要注意盡量不要讓溶液接觸到皮膚，同時注意遠離兒童。第三步：沖洗內膽清洗溶液在飲水機內靜置30分鐘后，從冷熱出水口分別將清洗溶液放出，再倒入飲水機內，重復3至5次，主要目的是為了清洗冷熱出水口。然后再將清洗溶液從機后冷熱排水閥排出。用清水沖洗飲水機內溶液殘留。也是先從出水口放些水，清洗出水口中的溶液殘留。再從排水閥將水全部排干。重復3至5次即可清洗干凈。
飲水機清洗消毒主機的主要作用是使用飲水機專用除垢劑對熱水膽內部水垢進行分解，再利用內置高壓循環水泵，將飲水機冷、熱水膽用管道進行連接，形成一個封閉的循環管路，利用高壓水流對飲水機的水膽及內部管道進行沖刷，將溶解后的水垢溶解及內部雜質隨水流沖出。
飲水機一般每個月都要盡量做至少一次深度清洗，才能徹底杜絕二次污染的隱患。清洗的時候使用專門的加壓清洗機，配合清洗劑，通過水循環壓力沖洗飲水機、封閉水循環臭氧殺菌、紫外線不間歇照射回水系統，可有效的對飲水機管道內壁持續不間斷沖洗并保證沖洗的力度強度，徹底清洗水垢、雜質等。自己可以嘗試練習一下操作，如果實在搞不定還可以找專業人員來進行。
首先是準備工作：Step1、拔去電源插頭，取下水桶，打開飲水機后面的排污管口，排凈余水。然后，再打開冷熱水開關放水。在有清洗飲水機的計劃時就可以根據預計的清洗時間加適當的水量，可以減少工作。Step2、準備好清洗劑，一般是去污泡騰片或專用消毒劑。建議事先把飲水機搬到衛生間里，保證清洗過程中水量充沛，取下“聰明座”（就是飲水機內接觸礦泉水桶的部分）。然后是清洗環節：Step1、用酒精棉仔細擦洗飲水機內膽和蓋子的內外側，為下一步消毒做準備。Step2、按照去清洗劑的說明書配置消毒水，導入飲水機，使消毒水充盈整個腔體，留置10~15分鐘。Step3、打開飲水機的所有開關，包括排污管和飲水開關，排凈消毒液。Step4、用清水連續沖洗飲水機整個腔體，打開所有開關排凈沖洗液體。Step5、放一杯水，聞聞有沒有氯氣味。如有，再放水，一直到聞不出任何氣味才可以放心地喝。
飲水機清洗方法有很多種，但是據西安小手帕專業飲水機清洗公司的工作人員講：40%左右的家庭從未清洗過飲水機，而清洗過的家庭中有87%的只是自己簡單擦洗一下，并且清洗的方法也是不科學不專業的。目前市場上使用最多的是以下幾種清洗方法：第一種浸泡法：它是利用消毒液浸泡飲水機的各個管路達到清潔目的。使用二氧化氯消毒時，用50～100mg/L濃度的溶液浸泡5分鐘即可，雖然成本低，可化學殘留物不易清洗掉；使用雙氧水消毒時，浸泡時間同為5分鐘，濃度為1.5%，化學殘留易清洗但成本很高。另外，甲醛、二醛等醛類消毒劑盡管殺菌能力很強，無奈刺激性氣味大，而且沒法對飲水機的內膽、管壁、分水管道等部位進行循環沖洗，難以將污物帶出，存在“二次污染”。這是目前各種品牌純凈水廠家對客戶承諾提供的所謂免費清洗消毒服務。第二種熏蒸法：該方法是利用臭氧的殺菌作用來達到清洗飲水機的作用。將臭氧從飲水機上部的入水口注入，大約經過20分鐘的熏蒸可以殺滅大部分的有害細菌，此方法消毒效果很好，且成本較低，但沒有清洗水垢等雜質的作用。第三種加壓過濾法：采用加壓過濾方法的專業飲水機清洗機械。在清洗時，將清洗機的一端接到飲水機的入水口，另一端接入飲水機下部的排水口，形成一個封閉循環，同時采用專用消毒清洗劑。該方法利用清洗機械自身的循環壓力，可以充分達到清洗的目的，然后通過機械壓力可以將水垢和雜質完全排出。這種方法一般被專業的飲水機清洗公司所采用。