阿克蘇地區住房公積金管理中心經阿克蘇地區行署批準，于2002年11月組建成立，為行署直屬副縣級、不以營利為目的的自收自支事業單位。內設五科一室，下轄8縣公積金管理部。內設機構14個，分別是：行政辦公室、歸集管理科、會計核算科、信貸科、稽查科、檔案信息科，阿克蘇地區住房公積金管理中心庫車管理部、沙雅管理部、新和管理部、拜城管理部、溫宿管理部、阿瓦提管理部、烏什管理部、柯坪管理部。另在阿克蘇行政服務中心派駐3個公積金窗口，負責阿克蘇城區內地、市直單位、中央、自治區駐阿單位公積金繳存、提取及職工公積金貸款業務辦理。